Эпизод 1 – Начало (200 лет назад)
Четвертая мировая война шиноби, объединившая весь мир, была закончена после поражения и смерти Обито. Эта победа была триумфом всего человечества, отстоявшего свою независимость перед общим врагом, однако она досталась дорогой ценой – почти 3/4 всех сил шиноби погибли или остались инвалидами на всю жизнь. Понимая, что любой новый конфликт приведет к падению мира шиноби, тогдашние кагэ и даймэ заключили нерушимый союз, который регулировал все спорные моменты во внешней политике скрытых деревень. Наконец-то наступила золотая эпоха мира и благоденствия, о которой предсказывал Жабий Старейшина: деревни были восстановлены, преступники – прощены и возвращены в селения, мертвые воспеты в легендах и даже биджу получили свободу. Последней точкой в событиях прошлого стало сражение Учихи Саске и Узумаки Наруто за пост шестого хокагэ, в котором с трудом победил последний, взяв реванш за все свои предыдущие поражения. Во всем мире возрождались забытые или вырожденные кланы, восстанавливались или воссоединялись семьи. Снизилась даже преступность, и с каждым годом все меньше и меньше распространялись вести о преступниках или нукенинах. Шиноби наслаждались достатком и покоем под мудрым правлением своих кагэ.
Эпизод 2 – время Смуты. (100-50 лет назад)
Позабывшие о ужасах войны, сказания о которой передавались виде сказок и героических легенд, шиноби наслаждались тихой жизнью. И не подозревали, что именно она станет их погибелью. Восстанавливаемые кланы и возрождаемые селения не могли не повлиять на баланс селений, когда с каждым годом все меньше и меньше заданий требовали вмешательства шиноби. Поначалу все сводилось к шуткам о том, что скоро шиноби придется выбросить свое оружие и взяться за серпы, или что в ближайшем будущем хватит местных стражников, что бы справляться с заданиями. Многие даже не воспринимали в серьез тот факт, что некогда необходимая всем странам система шиноби теперь висит мертвым грузом на шее даймэ; те, в свою очередь, начали размышлять о том, что необходимость в скрытых селениях во время мира ничем не обусловлена – а ведь войн не было больше века. Постепенно бюджеты селений начинают урезаться: миссий они получают меньше, денег на военные нужды – тоже, постепенно превращаются с необходимости в традицию, а с традиции – в забытые ритуалы такие вещи как экзамен на чунина или ежегодное собрание кагэ. А с ними в деревни ниндзя пришла и нищета. Лидерам селений уже не приходится сражаться против злостных нукенинов, теперь они заняты поиском денег, без которых разрушается сама система. Все меньше детей поступают в академию, все больше шиноби бросают свое ремесло и превращаются в обычных крестьян. Постепенно назревает конфликт между обычными людьми и шиноби, развязка которого в будущем окажется невероятно дорогой.
В один обычный день даймэ страны Молни решает ликвидировать Кумогакурэ. Причин было много – отсутствие необходимости в содержании шиноби, их явная дороговизна, мир в стране и пр. Естественно, лидеру Кумо не удается отговорить лорда и селение буквально рушится на глазах; в ближайшие недели весь мир охватывает безумие от этой новости, которую распространяли шиноби-беженцы. Скрытые селения охватывает паника, в которую подбрасывают, как масло в огонь, новые новости: в стране воды группа шиноби нападает на своего же даймэ, стремясь насилием предотвратить приказ о расформировании деревни Тумана; в Листе между обычными шиноби и носителями геномов происходит ссора, которая заканчивается братоубийством; в селении Земли толпа растерзывает юного генина, за что ее членов вырезают родственники убитого. Буквально за полгода разрушается система, создаваемая веками, селения умирают в пламени гражданской войны.
Эпизод 3 – Новые надежды. (50 лет назад – наши дни)
Несмотря на развал, частично система шиноби сохраняется: большинство кланов, выживших после распада деревень, сохраняют свою функциональность. Возникает ситуация, о которой предупреждали все кагэ, но о которой не подумали жадные даймэ стран: часть кланов, известные своей гордыней или бессердечностью, ради процветания и денег начинают грабить замки и селения. Когда местная стража перестает справляться с противниками, даймэ приходится нанимать прочие кланы для защиты или охраны. Бывшие напарники начинают убивать друг друга ради звонкой монеты. Возвращается система кланов, некогда позабытая, но не канувшая в забвение. Мрак сгущается над миром шиноби, утопающего в крови.
Неизвестно где, неизвестно когда, но возникает слух, что придет Мессия, который спасет шиноби и восстановит справедливость. Так же ходят сплетни о том, что противостоять ему будет Зло, воплощенное во многих обличиях. Шиноби начинают узнавать о тайных организациях, которые постепенно подчиняют себе даймэ и покоряют этот мир – и многие молятся, когда придет тот герой, о котором якобы обещали сами небеса. Им может оказаться кто угодно.